Fue construída en el siglo XV por el comerciante judío converso Pedro Sánchez de Bilbao sobre unas viejas casas medievales, rodeando la antigua torre de linaje de los Gaona del siglo XIII, la cual permanece en el interior de las dos primeras plantas del palacio. Destaca sobremanera la bóveda estrellada y policromada con la que se cubre la sala noble del torreón y que ha permanecido intacta hasta la actualidad.

Este bello ejemplo de arquitectura gótica civil, fue residencia de paso de figuras ilustres de la época como Felipe el Hermoso y su esposa Juana la Loca. Fue en este palacio donde el 22 de enero de 1522 le llegó a Adriano de Utrecht la noticia de su nombramiento papal 13 días antes. El futuro Adriano VI permanecería en la capital alavesa poco más de un mes, ejerciendo como regente de España y preparando a Navarra para la defensa frente a la invasión francesa.

Tras un complejo trabajo de rehabilitación, actualmente el edificio alberga numerosas exposiciones con un marcado carácter didáctico. Así, el público puede visitar exposiciones sobre el mundo de la cultura autóctona, la historia, la naturaleza, la artesanía, el folklore, la mitología, etc.